■ 本 堂
［本 尊］
薬師瑠璃光如来（秘仏）
医王山という号のとおり、高蔵寺のご本尊は「薬師瑠璃光如来」、通称「薬師如来」、秘仏として祀られています。地元では「お薬師さん」の呼ばれ、親しまれています。中島の地は、開拓期から度重なる水害によって被害を受けてきました。その受難から救う誓願によって現れたと云います。大水害の折には、高蔵寺もたびたび浸水し、法具ともども下流に流されたそうですが、不思議と無傷とお戻りになられたという話も残っています。また、眼病治癒の話も多く伝わっています。
［脇 佛］
日光月光両菩薩（秘仏）
［眷 属］
十二神将
薬師如来の脇侍として、全て木造で現存しています。十二神将は干支の守り神として、その年の干支神将を御前立ち（おまえだち）として迎え、正月の一週間（大晦日〜七日の初薬師まで）祀られます。